Хвороба часто починається гостро, з ознобу та підвищення температури тіла до 38–40°С. Гарячка триває від 2 до 10 днів. З'являються загальне нездужання, різкий біль голови, нудота і блювання, розбитість, стомлюваність, порушення сну.

Інкубаційний (прихований) період триває від 2 до 21 днів. Ознаки енцефаліту з'являються через цей час. Коли вірус проникає у кров, то з'являються симптоми енцефаліту, що нагадують грип: втома, стомлюваність, слабкість, зниження апетиту, може бути ломота в кістках, підвищення температури

Як протікає кліщовий енцефаліт Здебільшого він уражає нервову тканину. Інкубаційний період при зараженні через укус кліща триває 5 – 25 днів, у середньому 1 – 2 тижні. При харчовому зараженні скорочується до 3 днів. Хоча є випадки коли інкубаційний період становив 1 день або навіть 40 днів.

Симптоми енцефаліту Кліщовий Енцефаліт – вірусне захворювання сезонного характеру. В організм людини енцефаліт потрапляє після укусу зараженого кліща або при вживанні молока від інфікованих корів чи кіз. У середньому клінічні ознаки захворювання з'являються через місяць після укусу енцефалітного кліща.