В окремій ємності (ванночці) необхідно набрати в ємність чисту воду, з температурою, такою самою як і в акваріумі. Додаємо препарат у співвідношенні 1,5 мл на 1 л води. Так як розчин висококонцентрований, то краще трохи недолити, ніж перелити концентрат, щоб уникнути хімічного опіку.

Рекомендується замість малахітової зеленої для особливо чутливих риб. Рекомендації щодо застосування: У 1 флаконі (50 мл розчину) міститься 0,3 г метиленового синього. Ця кількість розрахована на обробку риб у загальному акваріумі з об'ємом води 100л, тобто по 5мл даного розчину на кожні 10л акваріумної води.

Для нормалізації тканинного дихання метиленовий синій вносять у воду дозі 1 мл препарату на 75 л води один раз. Риб витримують у розчині препарату 5 днів.

МС – протизапальний засіб широкого спектра дії. МС має і яскравий противірусний ефект. У 2018 році було доведено, що метиленовий синій інактивує в плазмі крові вірус Ебола та коронавірус MERS-CoV, що викликає гострий близькосхідний респіраторний синдром.