Короткочасний та безболісний укус самця можна, можливо і не замітити. Швидше за все, випадки, що досить часто трапляються кліщового енцефаліту, коли хворі заперечують укус кліща, пов'язані саме з нападом самців Природні осередки кліщового Енцефаліт існував задовго до появи людини в Сибіру.

При бореліозі укус кліща виглядає як осередкова еритема розміром до 20-50 см у діаметрі. Форма запалення найчастіше правильна, із зовнішньою облямівкою яскраво-червоного кольору. Через добу центр еритеми блідне і набуває синюшного відтінку, з'являється скоринка і незабаром місце. укусу рубається.

Інкубаційний період при зараженні через укус кліща триває 5 – 25 днів, у середньому 1 – 2 тижні. При харчовому зараженні скорочується до 3 днів. Хоча є випадки коли інкубаційний період становив 1 день або навіть 40 днів. Симптоми кліщового Енцефаліт дуже різноманітні, їх поєднання залежить від форми хвороби.