Як побічні ефекти можуть зустрічатися і ендокринні порушення. Буває, що спостерігається ожиріння, збільшення ваги, зміна апетиту, маси тіла. У пацієнтів-жінок може наступати аменорея. Також серед побічних ефектів часто зустрічаються проноси, запори, складнощі із сечовипусканням.

Найважливішою перевагою атипових нейролептиків загалом є мінімальна вираженість неврологічних ускладнень. Найбільш безпечними у цьому плані слід визнати клозапін та кветіапін.

Лікарсько-індуковану шлуночкову тахікардію можуть викликати антиаритміки, інотропні засоби та різні симпатоміметики, антипсихотичні та протипухлинні препарати, а також трав'яні засоби (аконіт, гінкго білоба).