На початку V ст. до зв. е. елліни з Іонії заснували місто – Попередник Євпаторії – Керкінітіду.

Після приєднання Криму до Росії у 1783 р. року, Указом Катерини II 19 (30) січня 1784 р. Гезльов отримав статус повітового міста та нове ім'я. Євпаторією він був названий на честь царя стародавнього Понта Мітрідата VI Євпатора.

У 1783 у складі Кримського ханства приєднаний до Російської імперії. (1802-1918). У 1854–56, під час Кримської війни 1853–56, Євпаторія окупована англо-франко-турецькими військами.