Для початку необхідно налити в пристрій звичайної теплої води або її розчин із сіллю, лимоном або содою, після чого підвісити кухоль на висоті не більше півтора метра над рівнем підлоги.

У кухоль Есмарха налити 1-1,5 л води кімнатної температури, підняти її догори на висоту 1-1,5 м і опустити наконечник вниз, щоб випустити невелику кількість води і разом з нею повітря з трубки. Заповнити трубку (вивести трохи рідини із трубки), після чого, не опускаючи кухользакрити кран на гумовій трубці.

Для дезінфекції кухоль Есмарха слід промити гарячою водою з температурою 50±5°С і витримати виріб в 1% розчині хлораміну при температурі не нижче 18°С протягом 30 хвилин або дворазово протерти виріб зовні тампоном з марлі, змоченим у тому ж дезінфікуючому розчині.

У відмінність від звичайної клізми, чашка Есмарха не створює тиску рідини у тілі пацієнта. Вона розроблена так, що розчин, що вводиться, надходить повільно під дією сили тяжіння. Для цього ємність підвішують вище кушетки, на якій лежить хворий.