Внаслідок захоплення амебоїдними еукаріотичними організмами аеробних бактерій та прокаріотичних водоростей з'явилися предки сучасних груп еукаріотичних водоростей. Деякі дослідники приписують симбіотичне походження також хромосомам та джгутикам.

Згідно з сучасними уявленнями, перші синьо-зелені водорості зародилися ще в археї (не менше 2,5 млрд. років тому). На суші перші рослини (куксонії) з'явились, За деякими даними, вже в ордовицький період, приблизно 450 млн. років тому.

Морські водорості, що з'явилися понад 70 мільйонів років тому з наземних трав, є однією з найрізноманітніших і найцінніших морських екосистем на планеті.

Водорості ростуть не тільки у воді, а й у вологих умовах, чудовим місцем для проживання водоростей може стати, наприклад, камінь, розташований неподалік водойми. Існує велика кількість різних водоростей, розрізняються вони і за кольором: існують зелені, бурі та червоні водорості.